１つのeffect内に同じテクスチャ名が存在していた場合、同一フォルダに出力されるため上書きされます、テクスチャ名はなるべく違う名前で設定してください

１つのeffect内で同じアセット参照を２か所以上にセットした状態でUnityEditor上で再生を行うと、UnityEditorがクラッシュする現象が確認されています、お手数ですが１つのeffect内で同じテクスチャ（またはモデル）をセットしたい場合はアセットをコピーしてセットして頂きますようお願いいたします、この件は後日修正致します。